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1931年9月18日，日本关东军悍然发动侵略中国东北的战争，标志着日本全面侵华战争的开始。1932年，原日本参谋本部第一部部长石原莞尔中将急调关东军参谋长，兼任负责占领地治安维护的高级参谋，拥有“独裁权”。他对关东军司令官本庄繁大将说，中国是日本“大陆政策”的必取之地，要“以征服中国为目的”，但“以几百万人的生命和几十亿的财产”来维护“满洲的治安”是不值当的，必须“另找一条路来达到目的”，即：寻找“以少胜多”的办法。
石原莞尔找到的所谓“以少胜多”的办法，就是用“以毒气消灭敌人”、“使敌国国民精神极度疲劳”的化学战和细菌战。他说：“以满蒙为诱饵，煽动反日情绪，诱使中国军队来攻，再施放毒气和细菌使之丧失战斗力。这样，既可完成‘满洲事变’开采满蒙资源的企图，又可在我国本土实施‘皇国自存自卫’。”为此，石原莞尔与日本陆军省作战课课长铃木贞一少将等人密谋，于1932年5月31日正式确立了日本军部的“731”秘密细菌战计划。
石原莞尔的确是一个“人才”，他极其清醒地看到了当时中国军民对日本军队的巨大仇恨，以及日本无法用常规战争手段征服中国的事实，因此在积极准备发动侵略战争的同时，也开始秘密研制细菌武器，妄想利用细菌武器彻底摧毁中国人民的抵抗意志。石原莞尔认为，用“毒气消灭敌人”是唯一能有效地“制服”中国人的办法。他说：“中国老百姓就像毒草一样一茬一茬长起来，用任何办法都消灭不了，唯一能消灭它们的办法就是毒气和细菌。”
石原莞尔把这些想法告诉了日本陆军大臣南次郎，南次郎也认为石原莞尔的主张很有道理，于是同意石原莞尔在关东军司令部内组建一个专门研究细菌战的秘密机关。这个机关就是臭名昭著的“731部队”。
731部队的全部罪恶活动的总责任人、大屠杀的总指挥，是日本陆军军医学校病理学教授、医学博士石井四郎。
石井四郎生于1892年6月25日，日本千叶县人，1916年毕业于日本陆军医学校，同年9月加入日本陆军，1928年毕业于京都帝国大学医学院，获医学博士学位。毕业后，石井四郎被分配到日本陆军军医学校病理学教研室任教官，并担任过陆军军医学校校医院院长和陆军军医学校病理学教研室主任。
石井四郎是日本军部最狂热的法西斯分子之一，也是日本陆军军医学校最著名的病理学家。他不仅是一个狂热的军国主义者，而且是一个极端残忍的细菌战狂人。他认为，细菌战是“最有效和最经济的作战方法”，是“绝对武器”。他还叫嚣：“一滴带菌液体所产生的威力，比一万发炮弹还要大。”
1931年9月18日，日本军国主义者发动侵略中国东北的战争后，石井四郎便开始着手研究细菌战。他首先组织人员研制了炭疽菌、霍乱菌、伤寒菌、鼠疫菌、脑膜炎菌等多种致病菌，并将这些细菌制成了细菌弹、细菌液、细菌粉等多种细菌武器。他还组织人员在东北三省进行细菌战实验，将细菌武器投放于敌占区，造成大批中国军民染病死亡。
1936年，石井四郎奉命前往伪满洲国哈尔滨，组建731部队。731部队的基地位于哈尔滨市郊区的平房区，占地面积达6平方公里，建筑面积达25万平方米。部队的编制为6000余人，下辖12个支队、14个研究所、15个工厂和1个医院。731部队是日本军国主义者为了发动细菌战而专门建立的秘密部队，也是世界历史上最臭名昭著的细菌战部队之一。
石井四郎在731部队进行了长达10年的细菌战研究和人体实验。他把中国战俘、朝鲜劳工和苏联俘虏作为实验对象，进行各种残酷的人体实验。他把战俘分为不同的实验组，让他们感染不同的细菌，然后观察他们的症状和死亡情况。他还把战俘的手脚、头颅、内脏等器官割下来，进行细菌感染实验。石井四郎在731部队进行了数千次人体实验，造成了数以万计的中国战俘、朝鲜劳工和苏联俘虏的死亡。
